A nuclear phylogenomic tree of grasses (Poaceae) recovers current classification despite gene tree incongruence

A nuclear phylogenomic tree of grasses (Poaceae) recovers current classification despite gene tree incongruence

© 2024 The Author(s). New Phytologist © 2024 New Phytologist Foundation.

Bibliographische Detailangaben
Veröffentlicht in:The New phytologist. - 1979. - 245(2025), 2 vom: 20. Jan., Seite 818-834
1. Verfasser: Grass Phylogeny Working Group III (VerfasserIn)
Weitere Verfasser: Arthan, Watchara (BerichterstatterIn), Baker, William J (BerichterstatterIn), Barrett, Matthew D (BerichterstatterIn), Barrett, Russell L (BerichterstatterIn), Bennetzen, Jeffrey L (BerichterstatterIn), Besnard, Guillaume (BerichterstatterIn), Bianconi, Matheus E (BerichterstatterIn), Birch, Joanne L (BerichterstatterIn), Catalán, Pilar (BerichterstatterIn), Chen, Wenli (BerichterstatterIn), Christenhusz, Maarten (BerichterstatterIn), Christin, Pascal-Antoine (BerichterstatterIn), Clark, Lynn G (BerichterstatterIn), Columbus, J Travis (BerichterstatterIn), Couch, Charlotte A (BerichterstatterIn), Crayn, Darren M (BerichterstatterIn), Davidse, Gerrit (BerichterstatterIn), Dransfield, Soejatmi (BerichterstatterIn), Dunning, Luke T (BerichterstatterIn), Duvall, Melvin R (BerichterstatterIn), Ficinski, Sarah Z (BerichterstatterIn), Fisher, Amanda E (BerichterstatterIn), Fjellheim, Siri (BerichterstatterIn), Forest, Félix (BerichterstatterIn), Gillespie, Lynn J (BerichterstatterIn), Hackel, Jan (BerichterstatterIn), Haevermans, Thomas (BerichterstatterIn), Hodkinson, Trevor R (BerichterstatterIn), Huang, Chien-Hsun (BerichterstatterIn), Huang, Weichen (BerichterstatterIn), Humphreys, Aelys M (BerichterstatterIn), Jobson, Richard W (BerichterstatterIn), Kayombo, Canisius J (BerichterstatterIn), Kellogg, Elizabeth A (BerichterstatterIn), Kimeu, John M (BerichterstatterIn), Larridon, Isabel (BerichterstatterIn), Letsara, Rokiman (BerichterstatterIn), Li, De-Zhu (BerichterstatterIn), Liu, Jing-Xia (BerichterstatterIn), Londoño, Ximena (BerichterstatterIn), Luke, Quentin W R (BerichterstatterIn), Ma, Hong (BerichterstatterIn), Macfarlane, Terry D (BerichterstatterIn), Maurin, Olivier (BerichterstatterIn), McKain, Michael R (BerichterstatterIn), McLay, Todd G B (BerichterstatterIn), Moreno-Aguilar, Maria Fernanda (BerichterstatterIn), Murphy, Daniel J (BerichterstatterIn), Nanjarisoa, Olinirina P (BerichterstatterIn), Onjalalaina, Guy E (BerichterstatterIn), Peterson, Paul M (BerichterstatterIn), Rakotonasolo, Rivontsoa A (BerichterstatterIn), Razanatsoa, Jacqueline (BerichterstatterIn), Saarela, Jeffery M (BerichterstatterIn), Simpson, Lalita (BerichterstatterIn), Snow, Neil W (BerichterstatterIn), Soreng, Robert J (BerichterstatterIn), Sosef, Marc S M (BerichterstatterIn), Thompson, E John (BerichterstatterIn), Traiperm, Paweena (BerichterstatterIn), Verboom, G Anthony (BerichterstatterIn), Vorontsova, Maria S (BerichterstatterIn), Walsh, Neville G (BerichterstatterIn), Washburn, Jacob D (BerichterstatterIn), Watcharamongkol, Teera (BerichterstatterIn), Waycott, Michelle (BerichterstatterIn), Welker, Cassiano A D (BerichterstatterIn), Xanthos, Martin D (BerichterstatterIn), Xia, Nianhe (BerichterstatterIn), Zhang, Lin (BerichterstatterIn), Zizka, Alexander (BerichterstatterIn), Zuloaga, Fernando O (BerichterstatterIn), Zuntini, Alexandre R (BerichterstatterIn)
Format: Online-Aufsatz
Sprache:English
Veröffentlicht: 2025
Zugriff auf das übergeordnete Werk:The New phytologist
Schlagworte:Journal Article Angiosperms353 Poaceae genome incongruence phylogenomics plastome target capture transcriptomics
LEADER 01000caa a22002652 4500
001 NLM380545519
003 DE-627
005 20250104235405.0
007 cr uuu---uuuuu
008 241121s2025 xx |||||o 00| ||eng c
024 7 |a 10.1111/nph.20263  |2 doi 
028 5 2 |a pubmed24n1651.xml 
035 |a (DE-627)NLM380545519 
035 |a (NLM)39568153 
040 |a DE-627  |b ger  |c DE-627  |e rakwb 
041 |a eng 
100 0 |a Grass Phylogeny Working Group III  |e verfasserin  |4 aut 
245 1 2 |a A nuclear phylogenomic tree of grasses (Poaceae) recovers current classification despite gene tree incongruence 
264 1 |c 2025 
336 |a Text  |b txt  |2 rdacontent 
337 |a ƒaComputermedien  |b c  |2 rdamedia 
338 |a ƒa Online-Ressource  |b cr  |2 rdacarrier 
500 |a Date Completed 18.12.2024 
500 |a Date Revised 04.01.2025 
500 |a published: Print-Electronic 
500 |a Citation Status MEDLINE 
520 |a © 2024 The Author(s). New Phytologist © 2024 New Phytologist Foundation. 
520 |a Grasses (Poaceae) comprise c. 11 800 species and are central to human livelihoods and terrestrial ecosystems. Knowing their relationships and evolutionary history is key to comparative research and crop breeding. Advances in genome-scale sequencing allow for increased breadth and depth of phylogenomic analyses, making it possible to infer a new reference species tree of the family. We inferred a comprehensive species tree of grasses by combining new and published sequences for 331 nuclear genes from genome, transcriptome, target enrichment and shotgun data. Our 1153-tip tree covers 79% of grass genera (including 21 genera sequenced for the first time) and all but two small tribes. We compared it to a newly inferred 910-tip plastome tree. We recovered most of the tribes and subfamilies previously established, despite pervasive incongruence among nuclear gene trees. The early diversification of the PACMAD clade could represent a hard polytomy. Gene tree-species tree reconciliation suggests that reticulation events occurred repeatedly. Nuclear-plastome incongruence is rare, with very few cases of supported conflict. We provide a robust framework for the grass tree of life to support research on grass evolution, including modes of reticulation, and genetic diversity for sustainable agriculture 
650 4 |a Journal Article 
650 4 |a Angiosperms353 
650 4 |a Poaceae 
650 4 |a genome 
650 4 |a incongruence 
650 4 |a phylogenomics 
650 4 |a plastome 
650 4 |a target capture 
650 4 |a transcriptomics 
700 1 |a Arthan, Watchara  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Baker, William J  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Barrett, Matthew D  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Barrett, Russell L  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Bennetzen, Jeffrey L  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Besnard, Guillaume  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Bianconi, Matheus E  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Birch, Joanne L  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Catalán, Pilar  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Chen, Wenli  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Christenhusz, Maarten  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Christin, Pascal-Antoine  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Clark, Lynn G  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Columbus, J Travis  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Couch, Charlotte A  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Crayn, Darren M  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Davidse, Gerrit  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Dransfield, Soejatmi  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Dunning, Luke T  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Duvall, Melvin R  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Ficinski, Sarah Z  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Fisher, Amanda E  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Fjellheim, Siri  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Forest, Félix  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Gillespie, Lynn J  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Hackel, Jan  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Haevermans, Thomas  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Hodkinson, Trevor R  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Huang, Chien-Hsun  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Huang, Weichen  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Humphreys, Aelys M  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Jobson, Richard W  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Kayombo, Canisius J  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Kellogg, Elizabeth A  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Kimeu, John M  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Larridon, Isabel  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Letsara, Rokiman  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Li, De-Zhu  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Liu, Jing-Xia  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Londoño, Ximena  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Luke, Quentin W R  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Ma, Hong  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Macfarlane, Terry D  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Maurin, Olivier  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a McKain, Michael R  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a McLay, Todd G B  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Moreno-Aguilar, Maria Fernanda  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Murphy, Daniel J  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Nanjarisoa, Olinirina P  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Onjalalaina, Guy E  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Peterson, Paul M  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Rakotonasolo, Rivontsoa A  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Razanatsoa, Jacqueline  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Saarela, Jeffery M  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Simpson, Lalita  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Snow, Neil W  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Soreng, Robert J  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Sosef, Marc S M  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Thompson, E John  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Traiperm, Paweena  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Verboom, G Anthony  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Vorontsova, Maria S  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Walsh, Neville G  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Washburn, Jacob D  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Watcharamongkol, Teera  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Waycott, Michelle  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Welker, Cassiano A D  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Xanthos, Martin D  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Xia, Nianhe  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Zhang, Lin  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Zizka, Alexander  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Zuloaga, Fernando O  |e investigator  |4 oth 
700 1 |a Zuntini, Alexandre R  |e investigator  |4 oth 
773 0 8 |i Enthalten in  |t The New phytologist  |d 1979  |g 245(2025), 2 vom: 20. Jan., Seite 818-834  |w (DE-627)NLM09818248X  |x 1469-8137  |7 nnns 
773 1 8 |g volume:245  |g year:2025  |g number:2  |g day:20  |g month:01  |g pages:818-834 
856 4 0 |u http://dx.doi.org/10.1111/nph.20263  |3 Volltext 
912 |a GBV_USEFLAG_A 
912 |a SYSFLAG_A 
912 |a GBV_NLM 
912 |a GBV_ILN_350 
951 |a AR 
952 |d 245  |j 2025  |e 2  |b 20  |c 01  |h 818-834