A nuclear phylogenomic tree of grasses (Poaceae) recovers current classification despite gene tree incongruence

Bibliographische Detailangaben
Veröffentlicht in:	The New phytologist. - 1979. - 245(2025), 2 vom: 20. Jan., Seite 818-834
1. Verfasser:	Grass Phylogeny Working Group III (VerfasserIn)
Weitere Verfasser:	Arthan, Watchara (BerichterstatterIn), Baker, William J (BerichterstatterIn), Barrett, Matthew D (BerichterstatterIn), Barrett, Russell L (BerichterstatterIn), Bennetzen, Jeffrey L (BerichterstatterIn), Besnard, Guillaume (BerichterstatterIn), Bianconi, Matheus E (BerichterstatterIn), Birch, Joanne L (BerichterstatterIn), Catalán, Pilar (BerichterstatterIn), Chen, Wenli (BerichterstatterIn), Christenhusz, Maarten (BerichterstatterIn), Christin, Pascal-Antoine (BerichterstatterIn), Clark, Lynn G (BerichterstatterIn), Columbus, J Travis (BerichterstatterIn), Couch, Charlotte A (BerichterstatterIn), Crayn, Darren M (BerichterstatterIn), Davidse, Gerrit (BerichterstatterIn), Dransfield, Soejatmi (BerichterstatterIn), Dunning, Luke T (BerichterstatterIn), Duvall, Melvin R (BerichterstatterIn), Ficinski, Sarah Z (BerichterstatterIn), Fisher, Amanda E (BerichterstatterIn), Fjellheim, Siri (BerichterstatterIn), Forest, Félix (BerichterstatterIn), Gillespie, Lynn J (BerichterstatterIn), Hackel, Jan (BerichterstatterIn), Haevermans, Thomas (BerichterstatterIn), Hodkinson, Trevor R (BerichterstatterIn), Huang, Chien-Hsun (BerichterstatterIn), Huang, Weichen (BerichterstatterIn), Humphreys, Aelys M (BerichterstatterIn), Jobson, Richard W (BerichterstatterIn), Kayombo, Canisius J (BerichterstatterIn), Kellogg, Elizabeth A (BerichterstatterIn), Kimeu, John M (BerichterstatterIn), Larridon, Isabel (BerichterstatterIn), Letsara, Rokiman (BerichterstatterIn), Li, De-Zhu (BerichterstatterIn), Liu, Jing-Xia (BerichterstatterIn), Londoño, Ximena (BerichterstatterIn), Luke, Quentin W R (BerichterstatterIn), Ma, Hong (BerichterstatterIn), Macfarlane, Terry D (BerichterstatterIn), Maurin, Olivier (BerichterstatterIn), McKain, Michael R (BerichterstatterIn), McLay, Todd G B (BerichterstatterIn), Moreno-Aguilar, Maria Fernanda (BerichterstatterIn), Murphy, Daniel J (BerichterstatterIn), Nanjarisoa, Olinirina P (BerichterstatterIn), Onjalalaina, Guy E (BerichterstatterIn), Peterson, Paul M (BerichterstatterIn), Rakotonasolo, Rivontsoa A (BerichterstatterIn), Razanatsoa, Jacqueline (BerichterstatterIn), Saarela, Jeffery M (BerichterstatterIn), Simpson, Lalita (BerichterstatterIn), Snow, Neil W (BerichterstatterIn), Soreng, Robert J (BerichterstatterIn), Sosef, Marc S M (BerichterstatterIn), Thompson, E John (BerichterstatterIn), Traiperm, Paweena (BerichterstatterIn), Verboom, G Anthony (BerichterstatterIn), Vorontsova, Maria S (BerichterstatterIn), Walsh, Neville G (BerichterstatterIn), Washburn, Jacob D (BerichterstatterIn), Watcharamongkol, Teera (BerichterstatterIn), Waycott, Michelle (BerichterstatterIn), Welker, Cassiano A D (BerichterstatterIn), Xanthos, Martin D (BerichterstatterIn), Xia, Nianhe (BerichterstatterIn), Zhang, Lin (BerichterstatterIn), Zizka, Alexander (BerichterstatterIn), Zuloaga, Fernando O (BerichterstatterIn), Zuntini, Alexandre R (BerichterstatterIn)
Format:	Online-Aufsatz
Sprache:	English
Veröffentlicht:	2025
Zugriff auf das übergeordnete Werk:	The New phytologist
Schlagworte:	Journal Article Angiosperms353 Poaceae genome incongruence phylogenomics plastome target capture transcriptomics

Beschreibung
Zusammenfassung:	© 2024 The Author(s). New Phytologist © 2024 New Phytologist Foundation. Grasses (Poaceae) comprise c. 11 800 species and are central to human livelihoods and terrestrial ecosystems. Knowing their relationships and evolutionary history is key to comparative research and crop breeding. Advances in genome-scale sequencing allow for increased breadth and depth of phylogenomic analyses, making it possible to infer a new reference species tree of the family. We inferred a comprehensive species tree of grasses by combining new and published sequences for 331 nuclear genes from genome, transcriptome, target enrichment and shotgun data. Our 1153-tip tree covers 79% of grass genera (including 21 genera sequenced for the first time) and all but two small tribes. We compared it to a newly inferred 910-tip plastome tree. We recovered most of the tribes and subfamilies previously established, despite pervasive incongruence among nuclear gene trees. The early diversification of the PACMAD clade could represent a hard polytomy. Gene tree-species tree reconciliation suggests that reticulation events occurred repeatedly. Nuclear-plastome incongruence is rare, with very few cases of supported conflict. We provide a robust framework for the grass tree of life to support research on grass evolution, including modes of reticulation, and genetic diversity for sustainable agriculture
Beschreibung:	Date Completed 18.12.2024 Date Revised 04.01.2025 published: Print-Electronic Citation Status MEDLINE
ISSN:	1469-8137
DOI:	10.1111/nph.20263