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  1. 1
    Can MM/GBSA calculations be sped up by system truncation?
    Can MM/GBSA calculations be sped up by system truncation?
    von Misini Ignjatović, Majda
    Veröffentlicht in: Journal of computational chemistry (2018)
    Weitere Verfasser: “...Söderhjelm, Pär...”

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  2. 2
    Converging ligand-binding free energies obtained with free-energy perturbations at the quantum mechanical level
    Converging ligand-binding free energies obtained with free-energy perturbations at the quantum mechanical level
    von Olsson, Martin A
    Veröffentlicht in: Journal of computational chemistry (2016)
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  3. 3
    Binding affinities by alchemical perturbation using QM/MM with a large QM system and polarizable MM model
    Binding affinities by alchemical perturbation using QM/MM with a large QM system and polarizable MM model
    von Genheden, Samuel
    Veröffentlicht in: Journal of computational chemistry (2015)
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  4. 4
    Conformational dependence of charges in protein simulations
    Conformational dependence of charges in protein simulations
    von Söderhjelm, Pär
    Veröffentlicht in: Journal of computational chemistry (2009)

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Journal Article Research Support, Non-U.S. Gov't Ligands 1405-69-2 6SO6U10H04 9007-73-2 Avidin Bennett acceptance ratio Biotin EC 2.7.11.24 EC 3.4.21.6 Factor Xa Ferritins MM/GBSA Phenols QM/MM free-energy perturbation alchemical transformation binding affinity dispersion-corrected density functional theory factor Xa ferritin free-energy perturbation galectin-3 host-guest systems ligand binding ligand-binding affinities non-Boltzmann Bennett acceptance ratio method octa-acid host p38 Mitogen-Activated Protein Kinases p38α MAP kinase
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