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1

A strategy for proline and glycine mutations to proteins with alchemical free energy calculations

von Hayes, Ryan L
Veröffentlicht in: Journal of computational chemistry (2021)
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2

Accelerating the Generalized Born with Molecular Volume and Solvent Accessible Surface Area Implicit Solvent Model Using Graphics Processing Units

von Gong, Xiping
Veröffentlicht in: Journal of computational chemistry (2020)
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3

A rapid solvent accessible surface area estimator for coarse grained molecular simulations

von Wei, Shuai
Veröffentlicht in: Journal of computational chemistry (2017)
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4

CHARMM-GUI ligand reader and modeler for CHARMM force field generation of small molecules

von Kim, Seonghoon
Veröffentlicht in: Journal of computational chemistry (2017)
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5

Coupled folding and binding with 2D Window-Exchange Umbrella Sampling

von Dickson, Alex
Veröffentlicht in: Journal of computational chemistry (2016)
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6

Efficient implementation of constant pH molecular dynamics on modern graphics processors

von Arthur, Evan J
Veröffentlicht in: Journal of computational chemistry (2016)
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7

Parallelization and improvements of the generalized born model with a simple sWitching function for modern graphics processors

von Arthur, Evan J
Veröffentlicht in: Journal of computational chemistry (2016)
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8

Flexible CDOCKER Development and application of a pseudo-explicit structure-based docking method within CHARMM

von Gagnon, Jessica K
Veröffentlicht in: Journal of computational chemistry (2016)
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9

Molecular-Level Insights into Orientation-Dependent Changes in the Thermal Stability of Enzymes Covalently Immobilized on Surfaces

von Ogorzalek, Tadeusz L
Veröffentlicht in: Langmuir : the ACS journal of surfaces and colloids (2015)
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10

PCASSO a fast and efficient Cα-based method for accurately assigning protein secondary structure elements

von Law, Sean M
Veröffentlicht in: Journal of computational chemistry (2014)
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11

Assessing the quality of absolute hydration free energies among CHARMM-compatible ligand parameterization schemes

von Knight, Jennifer L
Veröffentlicht in: Journal of computational chemistry (2013)
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12

New paint and a new engine

von Brooks, Charles L 3rd
Veröffentlicht in: Journal of computational chemistry (2013)

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13

MATCH an atom-typing toolset for molecular mechanics force fields

von Yesselman, Joseph D
Veröffentlicht in: Journal of computational chemistry (2012)
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14

Applying efficient implicit nongeometric constraints in alchemical free energy simulations

von Knight, Jennifer L
Veröffentlicht in: Journal of computational chemistry (2011)
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15

Surveying implicit solvent models for estimating small molecule absolute hydration free energies

von Knight, Jennifer L
Veröffentlicht in: Journal of computational chemistry (2011)
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16

On the mechanism of crystalline polymorph selection by polymer heteronuclei

von López-Mejías, Vilmalí
Veröffentlicht in: Langmuir : the ACS journal of surfaces and colloids (2011)
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17

Lambda-dynamics free energy simulation methods

von Knight, Jennifer L
Veröffentlicht in: Journal of computational chemistry (2009)
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18

Prediction of protein loop conformations using multiscale modeling methods with physical energy scoring functions

von Olson, Mark A
Veröffentlicht in: Journal of computational chemistry (2008)
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19

Application of torsion angle molecular dynamics for efficient sampling of protein conformations

von Chen, Jianhan
Veröffentlicht in: Journal of computational chemistry (2005)
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20

Detailed considerations for a balanced and broadly applicable force field a study of substituted benzenes modeled with OPLS-AA

von Price, Daniel J
Veröffentlicht in: Journal of computational chemistry (2005)
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