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GROMACS
Journal Article
5
molecular dynamics
4
Research Support, Non-U.S. Gov't
3
benchmark
2
API
1
BAR
1
plus ...
CUDA
1
GPU
1
HPC
1
Jarzynski
1
MPI
1
SAMPL challenges
1
alchemical calculations
1
computer simulations
1
energy efficiency
1
grand-canonical Monte Carlo
1
high performance computing
1
high throughput MD
1
non-equilibrium
1
parallel computing
1
performance to price
1
python
1
relative free-energy calculations
1
sampling
1
timestep
1
trajectory analysis
1
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1
Scaling of the GROMACS Molecular Dynamics Code to 65k CPU Cores on an HPC Cluster
par
Kutzner, Carsten
Publié dans:
Journal of computational chemistry
(2025)
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2
NE-RDFE A protocol and toolkit for computing relative dissociation free energies with GROMACS between dissimilar molecules using bidirectional nonequilibrium dual topology schemes
par
Macchiagodena, Marina
Publié dans:
Journal of computational chemistry
(2023)
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3
MkVsites A tool for creating GROMACS virtual sites parameters to increase performance in all-atom molecular dynamics simulations
par
Larsson, Per
Publié dans:
Journal of computational chemistry
(2020)
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4
More bang for your buck Improved use of GPU nodes for GROMACS 2018
par
Kutzner, Carsten
Publié dans:
Journal of computational chemistry
(2019)
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5
Enabling grand-canonical Monte Carlo extending the flexibility of GROMACS through the GromPy python interface module
par
Pool, René
Publié dans:
Journal of computational chemistry
(2012)
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