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Improving ligand-ranking of AutoDock Vina by changing the empirical parameters
von
Pham, T Ngoc Han
Veröffentlicht in:
Journal of computational chemistry
(2022)
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Son
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Estimating the ligand-binding affinity via λ-dependent umbrella sampling simulations
von
Ngo
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Son
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Veröffentlicht in:
Journal of computational chemistry
(2021)
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3
Oversampling Free Energy Perturbation Simulation in Determination of the Ligand-Binding Free Energy
von
Ngo
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Son
Tung
Veröffentlicht in:
Journal of computational chemistry
(2020)
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4
Fast and accurate determination of the relative binding affinities of small compounds to HIV-1 protease using non-equilibrium work
von
Ngo
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Tung
Veröffentlicht in:
Journal of computational chemistry
(2016)
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binding affinity
empirical parameter
fast pulling ligand
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p16 protease, Human immunodeficiency virus 1
relative binding affinity
replica exchange molecular dynamics
rupture force
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soft-core potential
steered molecular dynamics
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